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Étant donné O, un ensemble de séquences finies, un arbre phylogénique minimal est un arbre dont l'ensemble des sommets s'identifie à O ∪ H où H est un ensemble (possiblement vide) de séquences et tel que la somme des longueurs des branches est minimale. La longueur de la branche a est le nombre minimal de mutations nécessaires pour transformer les séquences a et b d'une manière qui les rend identiques. Une mutation peut être ou (1) un changement (remplacement) de la valeur d'un terme dans l'une des séquences afin de la rendre égale à la valeur d'un terme dans l'autre …