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Un modèle du canal de la gramicidine A a été construit en utilisant les résultats de la RMN à deux-dimensions obtenus par Arseneiw dans des micelles de SDS. Dans ce modèle, le canal est un dimère en hélice droite beta, où les extrémités N-terminal des monomères sont reliées par 6 ponts hydrogènes. Les coordonnées du canal ont été optimisées par minimisation de l'énergie potentielle. Un système représentant le canal dans une membrane simplifiée a été construit avec 188 molécules d'eau et 85 sphères hydrophobes pour représenter les chaînes de carbones des lipides. Le système complet comprend 967 particules. En utilisant …